1953 წლის 21 თებერვალს, ექვთიმე თაყაიშვილი უკიდურეს გაჭირვებაში, გულის დამბლის შედეგად გარდაიცვალა. 24 თებერვალს უკანასკნელ გზაზე ვაკის სასაფლაომდე, მისი ნეშტი მხოლოდ ორმოცდარვა ადამიანმა გააცილა.
1963 წელს, დაბადებიდან 100 წლისთავთან დაკავშირებით, ექვთიმე თაყაიშვილის ნეშტი დიდუბის პანთეონში გადაასვენეს, ხოლო 1987 წელს კი ლევილიდან თბილისში ჩამოასვენეს და მეუღლის გვერდით დაკრძალეს ნინო-პოლტორაცკაია-თაყაიშვილის ნეშტიც.
2000 წ. ექვთიმე თაყაიშვილის ნეშტი მთაწმინდის მიწას მიაბარეს.
2002 წ. წმინდა სინოდის სხდომამ ექვთიმე თაყაიშვილი წმინდანად შერაცხა და უწოდა "წმინდა ექვთიმე ღვთისკაცი".
